Das ARCN wird durch den Geschäftsführenden Vorstand geleitet. In ihm sind Vertreter aller vier Partner vertreten.

Der Geschäftsführende Vorstand wird organisatorisch durch die in Großhansdorf ansässige ARCN-Geschäftsstelle unterstützt. Diese besteht aus Standortkoordinator Dr. Jörn Bullwinkel und Projektkoordinatorin Katharina Stahl und bildet das Bindeglied zwischen DZL-Leitung und Wissenschaftlern des ARCN sowie als Ansprechpartnerin für finanzielle Fragen. Die ARCN-Geschäftsstelle ist verantwortlich für interne und externe Kommunikation sowie Veranstaltungsorganisation. Sie steht in ständigem Kontakt mit den Geschäftsstellen der anderen DZL-Standorte, um Abläufe zu harmonisieren.